本发明涉及一种基于高速串行通讯的控制系统冗余切换方法，以A、B两个主控机箱和切换机箱为主体，以光纤为传输媒介，当A主控机箱或B主控机箱出现故障，A、B两个主控机箱互为冗余，通过切换机箱进行冗余切换；为了使得A、B主控机箱和切换机箱有严格的控制周期同步，切换机箱会产生一个同步信号，并分别发送给A、B主控机箱，A、B主控机箱以这个同步信号为基准进行系统控制操作。本发明的优点是：在一个主控机箱出现故障的情况下，系统切换到另一个主控机箱，并在工作状态主控机箱的控制下能继续稳定运行，并且可以单独掉电维护其中一个主控机箱，极大的提高了控制系统的可靠性和稳定性。