本发明涉及一种基于数字证书的通讯加密安全控制方法、服务器及系统，其方法包括：服务端从客户端获取用户号码信息；根据号码信息生成数字证书，并发送至客户端；接收客户端发送的携带有数字证书的加密数据包，根据数字证书从加密数据包中获取原始传递数据。本发明通过数字证书对移动终端原始传递数据进行加密，由于数字证书是在服务端通过专有的算法进行加密而成，使得数据的有效性与安全性的控制得到大大加强，数据在传递过程中即使被截获，由于无法获知移动终端相关的信息以及IMEI、IMSI和SMSC等信息的加密算法，所以也无法破解通讯数据，从而提高了移动终端数据传输的安全性与有效性，而且本方法实际可操作性强。