本发明公开了一种客户端与WEB应用的通讯认证系统及认证方法，该系统包括：登录转向模块，用于对客户端发送的基本信息作关联认证，并根据用户的基本信息生成用户令牌，保存用户令牌并形成时间戳后，将与WEB应用相关联的用户信息以及用户令牌ID发送给WEB应用；登录验证模块，用于响应WEB应用发送的回调认证请求，验证所述ID对应的用户令牌是否存在，匹配用户令牌对应的与WEB应用相关联的用户信息，判断登录是否超时。本发明系统及方法可使得不同系统下的客户端/WEB应用针对相互信任的数据点进行自由的跳转，用认证系统来保存共用数据，并且做数据转化后的登录验证，同时可保证验证系统的性能，不会因为保存公用数据，而降低了验证跳转速率。