本发明提供一种医疗保险控制系统及方法，其使用医疗保险电子记录媒体及可与储存以医疗保险受益人的个人病史信息与医疗保险相关信息及线上存取信息的智能型界面卡共享的通讯网络，该卡用于制造线上数据存取以检查相关医疗保险受益人的诊疗史，并使医疗机构能于线上立即请求医疗保险津贴及诊疗费(患者自付额)且能在付费上提供相同证明，其中当该医疗保险卡持有者在医院或诊所接受诊疗时，可藉由该医疗保险系统确认为合法医疗保险受益人，以有效防止医疗机构伪造假的及非法的请求或，预防医疗保险受益人发生长期无付费的状况，其中该医疗保险电子记录媒体包括一种线上决算功能，以使能够于医疗机构支付其立即医疗费用(患者应付款项)，此以增进对医疗保险受益人的便利性。