本发明公开一种CDMA无线通讯系统软切换前向帧序号对齐的方法，为解决目前系统中固定调整帧序号对齐的方法不能灵活应对各种不同的延时值，延时有抖动时，也不能很好解决的问题而发明。本发明选择分发单元计算前向帧序号，并将包含帧序号的前向业务帧发送给每个基站；每个基站计算将该前向业务帧发送给移动台的时间与当前系统时间的差值PATE，并将PATE值放在反向业务帧中发送给选择分发单元；选择分发单元根据PATE值计算前向帧序号。该方法保证了CDMA系统软切换每个基站能及时发送相同的业务帧给手机，并且不需要基站控制系统使用GPS，解决了链路延时波动比较大时不能够及时调整帧序号的问题。