本发明公开了一种凝结水精处理系统及凝结水精处理的方法，管路入口、阳离子交换器、阴阳混合离子交换器、过滤器、升压泵，管路出口通过连接管路依次串联连接，管路入口与阳离子交换器之间设有阀门一和阀门三，阴阳混合离子交换器与过滤器之间设有阀门四和阀门六，过滤器与升压泵之间设有阀门七；升压泵与管路出口之间的连接管路上设有阀门八；管路入口与管路出口通过无阀旁路连通。本发明既能有效去除金属腐蚀产物和悬浮固体，保护离子交换树脂，又能尽快满足离子交换器投入运行的条件，缩短管路冲洗时间，减少水资源浪费；也能在离子交换器正常运行后，有效截留细小树脂颗粒，保持二回路热力设备的运行安全。