本发明公开了一种中药废水处理系统及其处理中药废水的方法，中药废水处理系统包括预处理系统，生化处理系统，深度处理系统和污泥处理系统四部分组成。废水储池，三维电解池，砂滤罐，二滤池，伴有曝气装置在与处理系统中主要起吹脱作用，去除废水中氯仿，使后续处理构筑物中微生物得以生存，解决中药废水难以生化的缺点；本发明将三维电解用于废水处理中，经过试验得电解废水24小时可以降解废水80%的COD，对处理高难度有机废水效果很明显，增大了废水的可生化性；本发明将混凝沉淀过滤，吹脱，三维电解，生化处理很好的结合运用，出水水质清澈，工艺成本低。