本发明是船载式微过滤除藻系统及除藻方法。船身主体为船头和船尾，船头底部设置进水口，进水口上安设格栅网，船头内设置取水室，取水室中部安设进水闸门，把取水室分为前室和后室，后室端部安设提升泵，提升泵通过输水管把原水引入转鼓内，微过滤机主体分为过滤箱体和蓄水槽，过滤后的原水由溢流口流出，进入蓄水槽内，蓄水槽的输出端设置排水口输出过滤后的原水。本发明设计合理，结构紧凑，制作简单，操作简便，高流量，运行和维护的成本低，使用寿命长，滤出的固体物质持续不断的全部清除出转鼓，过滤彻底，对滤布无压力使用寿命长，根据不同水域的情况，设计不同的船身主体，安装不同数量不同型号的微过滤机主体以适应不同水域，有利于广泛应用。