本发明公开了一种基于基因调控网络的胡杨无性选育方法，所述方法包括：构建胡杨定位群体；根据胡杨定位群体进行外植体培养，并在培养的过程中获取胡杨生根能力的表型数据、转录组学数据、蛋白质组学数据以及代谢组学数据；分别根据胡杨定位群体的表型数据、转录组学数据、蛋白质组学数据和代谢组学数据定位胡杨生根能力的QTL、eQTL、pQTL以及mQTL；根据胡杨生根能力的QTL、eQTL、pQTL以及mQTL构建胡杨生根过程的基因调控网络，并根据基因调控网络定位胡杨生根能力网络数量性状位点nQTL；根据胡杨生根能力的nQTL进行胡杨无性选育。本发明实施例的方法，能够有效地筛选出生根能力强的胡杨单株，提高胡杨的繁殖率，极大地促进了胡杨抗逆无性系选育。