一种基于单光子计数器的近红外三维动态成像仪系统，用于探测生物体，包括：光源、光切换器、探测器以及控制器，光源产生不同波长的长相关激光；光切换器，一端与所述光源光学连接，另一端与多模光纤光学连接，包括波长切换器与位置切换器；探测器，由多个单光子计数单元组成；控制器与所述光源、所述光切换器、所述探测器电性连接，用于根据工作模式控制所述光源产生相应的长相关激光以及所述探测器采集相应的数据。本发明提供的基于单光子计数器的近红外三维动态成像仪系统有效的提高了数据采集的精度以及降低了设备的成本。