本发明涉及一种附载光合细菌的玉米芯和/或秸秆的制备方法及其应用，包括以下步骤：1）将玉米芯和/或秸秆进行清洗，然后再进行高温灭菌处理，得到灭菌后的玉米芯和/或秸秆；2）将灭菌后的玉米芯和/或秸秆放入混合液中进行第一次浸泡，然后再进行风干，得到风干后的玉米芯和/或秸秆；3）将上述风干后的玉米芯和/或秸秆再放入光合细菌菌种溶液中进行第二次浸泡，然后取出，进行封闭保存或直接将其投入富营养化的湖泊中。本发明以农植物副产品-玉米芯和/或秸秆为原料，同时也作为光合细菌的碳源，附载光合细菌的制备方法；并应用于富营养化水中的磷和氮的吸收，能显著提高水质净化效率和延长细菌使用时间。