本发明公开了一种关于雌激素的磁性纳米分子印迹复合材料的制备方法，将二价铁盐和三价铁盐溶解于水中，超声分散，加热并调节体系至碱性，搅拌反应，磁分离，洗涤至pH为6-8，干燥；加入乙醇溶液，加热，搅拌并滴加油酸，磁分离，洗涤至pH为-7.0，干燥；加入分散剂、聚合单体、功能单体和交联剂，超声分散；加入引发剂，加热，搅拌反应，磁分离，洗涤至pH为6-8，干燥；加入模板分子与氨基功能试剂的复合反应液，加热，搅拌反应，磁分离，洗涤至pH为6-8，干燥，得目标产物。本发明具有制备工艺简单、磁含量可控、官能团比例可控等特点，并将其应用于富集生活饮用水中残留的痕量酚类环境雌激素，能达到较高的富集倍数。