本发明涉及畜禽粪便处理领域，具体是涉及到一种畜禽粪便杀菌、除臭及深度脱水方法，包括如下步骤，酸化：用酸将畜禽粪便的pH调节至3～6；氧化：按每千克畜禽粪便干重投加0.5～1.2mol氧化剂的比例向酸化后的畜禽粪便内加入氧化剂，搅拌均匀；微波加热处理：将氧化后的畜禽粪便用微波加热升温至95～120℃，继续保持该温度下微波处理5-12min，在微波处理的同时搅拌畜禽粪便；压滤脱水：将微波处理后的畜禽粪便经压滤机压滤脱水。本发明使用成本低，操作简单，处理速度快，处理后的畜禽粪便固体回收率高、热值下降少且脱水程度高。