本发明涉及一种盐酸黄连素废水的处理方法。采用的技术方案是：利用微波协同活性炭催化氧化处理盐酸黄连素废水：调节废水的浓度至盐酸黄连素初始浓度为400mg/L，每升废水加入活性炭2~22g，微波功率为140~700W，微波1~6min。本发明快速高效、操作简单、节能降耗、处理过程中不会产生二次污染物，污染物去除效果好，出水水质显著提高。