一种实现CANON工艺高效稳定运行的控制方法，它属于污水处理领域，本发明是要提供一种实现CANON工艺高效稳定运行的控制方法。本方法：接种CANON污泥于自养脱氮MBR反应器内，将待处理污水通入自养脱氮MBR反应器中，通过调节曝气量、进水流量和/或水力停留时间来控制曝气量与进水氨氮负荷的比值为0.25～0.30(L/min)/(kg/m³/d)，实现CANON工艺高效稳定运行。氨氮去除率90%以上，总氮去除率80%以上，反应器内无亚氮积累，且无多余硝氮生成。在此条件下氨氧化菌和厌氧氨氧化菌协同作用，曝气量太大导致厌氧氨氧化菌活性被抑制或者硝化菌活性的恢复，过低则易导致氨氧化菌活性被抑制。