本发明提供一种高甲醛高浓度有机废水的处理方法，包括：废水经调节池调节水质和水量，确保后续处理设备及生物处理系统不会受到水量、水质大幅度变化的冲击；调节后的废水进入调配池，调配池的水力停留时间6～8小时，通过调配各路回流水与调节池出水的混合，控制废水甲醛浓度小于500mg/L，同时调节pH值并投加营养盐；调配池出水进入厌氧处理系统，经厌氧处理进入好氧系统，于所述的好氧系统中在活性污泥法曝气池进行好氧处理；好氧处理后的出水进入二沉池进行泥水分离，污泥回流好氧系统，出水稳定达标排放，同时按1～10倍的回流比回流调配池。本发明的方法实现了以微生物处理含高毒性甲醛废水的工程应用，在保证出水水质的前提下，能大幅度节省基建投资和运行成本。