本发明涉及一种淀粉基质专用水稻的转基因培育方法，步骤包括：取低直链淀粉含量的水稻品种的成熟胚为外植体，诱导愈伤组织，继代培养至成倍增殖期，暗条件预培养，进行农杆菌共培养转化，转移到筛选培养基进行3轮筛选，取抗性愈伤组织诱导分化成苗，对抗性植株进行组织化学染色和分子检测，鉴定含目的基因的分化小苗，对入选的转基因植株测定淀粉凝胶性能，选留淀粉糊化冷却后可形成半固态凝胶的转基因植株，继续种植评价的淀粉凝抗性表达稳定性，对淀粉凝抗性稳定的优良株系进行种子繁殖，最终培育淀粉基质专用水稻。本发明的淀粉基质专用水稻，可作为新颖生物培养基质，广泛用于科研、食品、医药和化工。