本发明公开了一种费托合成水的处理方法。包括如下步骤：将费托合成水进行脱油处理得到脱油后的费托合成水；然后加入碱进行中和处理得到中和后的费托合成水；继续进行醇分离处理，塔顶得到含水混醇，塔底得到合成废水；含水混醇进行萃取精馏，塔顶得到轻醇，塔底得到重醇；合成废水经脱油处理、厌氧生化处理或好氧生化处理，得经生化处理后的合成废水；经生化处理后的合成废水经除盐净化处理得到再生水和含盐浓浆；含盐浓浆经蒸发得蒸发凝液和蒸发浆液，蒸发凝液进入作为除盐净化处理步骤的进料；蒸发浆液经干燥得到盐固体和蒸发凝液。本发明中的醇分离处理步骤采用常压精馏方法；本发明中的合成废水处理方法采用生化处理、除盐净化、蒸发、干燥方法。