本发明公开了一种用于河床底泥生态系统恢复的固定化微生物包埋微球的制备方法，步骤如下：制备PVA凝胶：配置浓度为8～10%的聚乙烯醇溶液；在聚乙烯醇溶液中添加包埋剂：浓度为0.5%～2%的海藻酸钠、浓度0.2%～0.5%的碳酸钙、浓度为2.0～4.0%的二氧化硅以及浓度为0.5～1.0%的300～500目凹凸棒土粉末或300～500目活性炭粉末；加入浓度为10～15%活化后的利蒙微生物菌液；交联剂制备；微球制备：将PVA凝胶滴加到氯化钙饱和硼酸溶液中搅拌，得到粒径为3～5mm的固定化微生物活性小球状颗粒，在温度为4～8℃下，固定交联24～36h，取出，用生理盐水冲洗。与现有技术相比，本发明微球能有效去除河床底泥中的总有机碳和总氮，改善底泥上覆水体COD、氨氮和总氮污染状况，是一种高效低耗、操作简单、有发展前景的河道生态治理方案。