一种复合型杀菌灭藻剂，由异噻唑啉酮、戊二醛、苯并咪唑盐和聚醚按1:1.0-2.0:1.0-1.5:1.0-2.0的质量比混合而成的组合物；所述的异噻唑啉酮由5-氯-2-甲基-4-异噻唑啉-3-酮和2-甲基-4-异噻唑啉-3-酮按3：1质量比混合而成；所述的苯并咪唑盐是1-甲乙醚基-2-甲基-3-R基苯并咪唑季铵盐。本复合型杀菌灭藻剂在工业循环冷却水系统中作为杀菌灭藻剂的应用。