本发明公开了一种阶梯式水体生态净化系统，包括混凝土床体，所述混凝土床体从上至下包括三个区，分别为浮床区、微生物区和沉床区，所述浮床区设有通气管，所述通气管上端设有通风口和风车，所述风车固定设置在通风口的下方靠近通风口处；所述通气管下端设有曝气口和搅拌器，所述搅拌器固定设置在曝气口上方；所述通气管下端深入至微生物区；所述混凝土床体的左、右两侧分别设置有进水口和出水口，所述进水口和出水口处分别设有可拆卸的滤网。本发明还公开了一种阶梯式水体生态净化系统的施工方法。本发明的阶梯式水体生态净化系统净化速度快，净化效果好，易于养护和管理，成本较低。