本发明公开了一株氨基杆菌H1（Aminobacter sp.H1）及在氧化锰离子中的应用，所述应用为：将氨基杆菌H1经种子培养后的菌悬液以体积比1%的接种量接种至含铁PYCM培养液中，并向所述含铁PYCM培养液中加入MnCl₂，所述MnCl₂的加入量以含铁PYCM培养液体积计0.25～50mmol/L，于25～35℃、160r/min振荡箱中培养5～7d，从而将锰离子氧化为氧化锰；本发明Aminobacter sp.H1取自成熟锰砂，是除锰滤池中常见的优势菌种，能适应复杂的环境条件，因而该菌株在水体和固体基质中氧化除Mn²⁺的应用前景广阔。