本发明涉及一种擎天树发芽种子的组培繁殖方法，本发明的技术方案包括擎天树种子的预处理、灭菌过程、初代培养等步骤，将擎天树种子培育成有两对真叶的无菌苗，所述预处理为将擎天树已发芽种子放入30-35℃无菌水内浸洗2-5min，所述灭菌过程为将种子放入0.8-0.9‰升汞溶液中浸洗2-5min，用30-35℃无菌水清洗，所述初代培养为将种子接种到MS+100mg/L肌醇+2.5mg/L6-BA+1.0mg/LNAA+10mg/LVc+30g/L蔗糖，pH6.6的培养基中培养，培养控制光照强度1500-3000lux，光照时间12h/d，温度25±3℃。本发明将外植体灭菌为无菌材料，使得无菌材料可以进一步开展扩繁，生根，培育无菌苗，相对于传统育苗方法，具有增殖率高、全年无间断生产苗木的优点。