本发明公开了一种饮用水有机污染物污染的应急处理系统及方法，系统包括预处理单元、相互并联并位于预处理单元下游的纳膜处理单元和反渗透膜处理单元；纳滤膜处理单元和反渗透膜处理单元相互并联后通过一输水总管与预处理单元相连；纳滤膜处理单元包括依次连接的纳滤进水调节阀、纳滤膜装置和纳滤产水电磁阀；反渗透膜处理单元包括依次连接的反渗透进水调节阀、反渗透膜装置和反渗透产水电磁阀；输水总管上自预处理单元依次设有第二调节阀、保安过滤器和进水切换阀。将被有机污染物污染的饮用水进行预处理后，根据所述有机污染物的分子量将预处理后的饮用水选择性的进行纳滤处理或反渗透处理。