本发明公开了一种处理染料废水的方法，其特征在于：设置微生物电化学耦合系统，微生物电化学耦合系统是将微生物燃料电池与微生物电解池耦合；然后将待处理染料废水装入微生物电解池的阴极室进行降解。本发明处理染料废水的方法，将MFC和MEC向串联，MFC向MEC提供降解染料废水的电能，无需向MEC提供外电压来提高染料废水的降解效率，节约能源；且MFC和MEC的结合，提高了单独使用MFC降解染料废水的效率。