本发明涉及一种城市河道底泥原位修复的方法，具体步骤为：在河道底泥中，垂直安放直管式蜂窝状填料，用于对底泥的原位固定，然后将底泥修复剂投加到铺设有蜂窝状填料的水体中，其在沉入水体后落入蜂窝状填料的填料管内，在蜂窝状填料的保护下，底泥修复剂通过吸附和生物降解作用，实现对底泥污染的原位修复。本发明的方法能为河道健康生态系统的建立创造良好的条件，从根本上实现水体的净化，具有修复效果好、费用低、操作简单、施工和维护管理方便、不影响河道航运功能，且无二次污染风险等特点。