本发明提供了一种用于淡水养殖水体改良的复合微生物制剂，按照重量百分比，原料包括：枯草芽孢杆菌25-30wt%；解淀粉芽孢杆菌25-30wt%；脱氮硫杆菌15-20wt%。本发明还提供了制备上述微生物制剂的方法：将枯草芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌以及脱氮硫杆菌种子培养液依次接种到培养基中，发酵，得到的菌液与载体、营养物质混合，得到所述微生物制剂。本发明提供的微生物制剂，能够明显改善养殖水体的水质，还能够提高养殖动物的肉质。