本发明涉及一种基于配位作用的聚电解质自组装复合纳滤膜的制备方法。分别配制含过渡金属离子的聚阴离子电解质溶液，和易与过渡金属形成配合物的聚阳离子电解质溶液；在0～0.5MPa压力下，将聚阴离子或聚阳离子电解质溶液错流流过基膜表面，在基膜表面自组装形成聚电解质薄层膜；用水冲洗膜表面的多余聚电解质溶液；将与上一层带相反电荷的聚离子电解质溶液错流流过基膜表面，使聚阳离子电解质与聚阴离子电解质通过金属离子的配位作用在膜表面发生自组装反应，形成聚电解质复合膜；用水冲洗膜表面的多余聚电解质溶液；重复操作，使带相反电荷的聚电解质在基膜表面交替沉积组装，即得到聚电解质自组装复合纳滤膜。本方法采用错流流动的自组装方式，避免了死端过滤方式易形成凝胶的现象，产品稳定性高，抗冲击能力和耐溶胀性强，工艺简单，制备成本低，生产环境友好。