本发明提供利用循环型的水热反应对污泥以良好的能量效率并且长时间稳定地进行甲烷发酵处理的方法及系统。本发明的方法是如下的方法，即，在将污泥（S）调整为规定含水率后，将调整含水率后的污泥（Sa）送入连结水热反应器（11）与气液分离器（12）的循环路（14a、14b），并且在规定温度·压力下循环规定时间而低分子化，使从循环路（14a、14b）中输出的低分子化污泥（Sc）滞留在发酵槽20中而进行甲烷发酵处理，该方法中，持续地检测循环路（14a、14b）内的水垢固着状况，根据该固着状况的变动来调整送入循环路（14a、14b）的污泥（Sa）的含水率。优选设置将循环路（14a、14b）内的污泥Sa的循环流量控制为规定流量的流量计（31）及流量控制阀（32），根据该流量控制阀（32）的开度来检测水垢固着状况，或者根据循环路（14a、14b）的表面温度来检测水垢固着状况。