本发明公开了一种丘陵零散养殖区废弃污染物的减控方法，其步骤:A、生物质净化池；B、生态沟湿地系统：生态沟渠湿地系统包括：（1）生态沟横断面；（2）挡水坎；（3）生态沟的植物配置：为如下三段：前段：位于生态沟上游；中段：位于生态沟中上部位；后段：位于生态沟中下部位；C、分水坝；D、末端三级湿地系统：（1）一级绿狐尾藻生态湿地；（2）二级经济湿地；（3）三级生态鱼塘。该方法建设和运行成本低廉，操作方便，治理效果好，有效的减控污染水体的COD、氮、磷等污染物，汇水区内养殖废弃物通过区内自然排水沟建立的生态沟和末端修建的生态湿地处理，适宜在中国长江中下游以南的广大亚热带丘陵地区应用，具有一定的经济效益。