本发明公开了一种头孢菌素菌渣的处理方法，包括如下工艺步骤：A.热碱解及分离处理，将头孢菌素菌渣、水和碱均匀混合，进行恒温碱解反应，反应完毕后在一定温度下进行固液分离处理，得沉渣备用；B.厌氧消化处理，在厌氧发酵罐中接种厌氧活性污泥，然后将步骤A中所得的沉渣与废水生物处理所产生的剩余污泥混合并注入发酵罐中，恒温搅拌，发酵过程中进行排沼渣和进料操作。本发明可完全消除头孢菌素菌渣中的药物残留，解决了单一头孢菌素菌渣厌氧发酵难以高效持续的问题，实现对它的减量化、无害化处理，本发明处理过程中产生的沼渣可用做制备有机肥的原料，产生的沼气可作为清洁燃料利用，实现了头孢菌素菌渣安全、有效地处置和资源化利用。