一种全程自养脱氮方法，其主要步骤为：1)向反应器中接种anammox污泥；2)向废水中充入氮气，使废水的DO浓度降为0mg/L，调节进水桶中pH为7-8；3)通过提高废水总氮浓度以及降低水力停留时间来逐渐提高进水负荷；4)待反应稳定后，逐步提高废水中DO浓度，以培养反应器中可以消耗氧气的细菌；5)经过半个月的培养驯化，anammox污泥外层附有兼氧菌；6)向反应器中接种亚硝化菌，并适当降低进水中的亚硝氮浓度，同时向反应器进行曝气，控制曝气量使得进入反应器中的氨氮部分转化成为亚硝氮，即氨氮与亚硝氮浓度(mg/L)比例约为1∶1，通过pH控制器调节反应器内pH值为7.5-7.7；7)逐步提高进水负荷，稳定脱氮。本发明还公开了一种用于实现上述方法的装置。