本发明公开了一种核电站除盐水系统除总有机碳的系统及控制方法，属于核电站除盐水处理系统领域。所述系统至少包括：高压泵、反渗透装置、紫外线消毒设备及相关管路、控制阀门，所述高压泵出水口通过除盐水系统来水管路连接反渗透装置，所述反渗透装置通过反渗透工作管路连接紫外线消毒设备。所述控制方法包括：正常运行工况、系统停机、非正常工况、正常运行工况向非正常工况切换、不合格产水排放工况、RO＋UV运行控制。通过反渗透与紫外线消毒相结合的核电站除盐水除总有机碳系统，对于各种水源TOC情况，均能实现梯度去除，使得除盐水处理系统对水源的适应性增强，TOC去除率稳定，有利于维持核电站热力系统稳定运行。