本发明公开了一种低能离子注入介导Ri质粒转化诱导黄芩毛状根的方法，主要是利用低能离子注入介导技术高效、定向地将Ri质粒导入黄芩外植体中，促使Ri质粒与黄芩基因组发生重组整合，实现诱导黄芩毛状根的目的，所得的黄芩毛状根形态上多丛生，分枝多，无向地性，能够不依赖激素快速生长，能稳定生物合成黄芩苷，诱导率可达20～55％，黄芩苷含量可达16.47～19.56％。本发明提供的方法不仅操作简便，适用范围更广泛，将为单子叶植物及裸子植物的毛状根体系建立奠定基础。