本发明公开了一种脱氮微生物菌剂及其制备方法，还涉及一种固定化颗粒和它们在脱氮中的应用。所述脱氮微生物菌剂含有培养基和菌体，所述菌体含有：ACCC 05728枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、ACCC 05729门多萨假单胞菌(Pseudomonas mendocina)、ACCC 05730枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和ACCC 05731类产碱假单胞菌(Pseudomonas pseudoalcaligenes)，并且，每毫升所述微生物菌剂所含的总活菌数为0.1×10¹⁰到8×10¹⁰个。本发明提供的脱氮微生物菌剂及含有微生物的固定化颗粒能够有效地将水体中的氮元素含量降低到符合环保要求的水平。