本发明公开了一种基于单片机的扫频式电子水处理系统，包括电源模块、单片机、液晶显示模块、DDS芯片、一级放大电路、二级放大电路和信号发射模块；所述电源模块、液晶显示模块和DDS芯片分别连接单片机，DDS芯片、一级放大电路、二级放大电路和信号发射模块依次连接。本发明采用了电磁波除垢技术，采用单片机控制DDS芯片产生6-12MHZ的400V左右的高频信号用以除垢，具有显著的杀菌灭藻功能，同时一定频率范围的高频信号又满足了不同水质，不同浓度水垢的处理要求，水垢处理更加彻底，节约人力物力，同时，也可以按照某一特定水质的除垢最佳效果要求而设定在6MHz--12MHz的某一个频率上，使除垢效果更佳。