本发明公开了一种疏浚后控制底泥回淤的方法，属于污染水体生态修复技术领域。本发明以沸石覆盖和底栖生物污泥减量化作用为核心，通过投放沸石控制底泥内源污染的释放，改善水体自净功能，削减底泥沉积量；通过底栖生物对底泥的摄食和矿化作用，实现了对重新沉积的底泥进行减量化，同时还实现了沸石对底泥污染物生物吸附降解效果的自我再生。本发明只需在疏浚船上增设一套沸石投放装置，并在沸石上投放底栖生物，具有操作简单、运行费用低、能耗低、生态环保、控制效果具有长效性的优势，便于大规模的实施和应用。