本发明公开了基于颗粒污泥的连续流短程硝化-厌氧氨氧化生物脱氮方法及装置，方法包括：1)接种污泥培养，进行活性污泥适应期；2)启动短程硝化-厌氧氨氧化反应；3）厌氧氨氧化颗粒污泥形成和生长期；4）颗粒污泥连续流系统稳定运行期。装置包括设有依序连通的进水水箱、生物反应器、沉淀池和水力筛过滤器；进水水箱进水连通高氨氮废水，出水连通生物反应器；沉淀池底部浓缩污泥经污泥回流泵与生物反应器连通；缺氧反应器内设有固定填料、搅拌器、过滤筛网和与空气压缩机连通的曝气头；沉淀池设有清水溢流口通过管道与水力筛过滤器联通；水力筛过滤器的出水为最终出水，截留的颗粒污泥回流至生物反应器。