本发明涉及一种湖泊水华蓝藻胞外聚合物的制备方法及应用，包括以下步骤：（1）原位获取湖泊水华蓝藻样品，采用微碱及热浴法实现胞外聚合物与藻体高效分离；（2）采用低温高速离心剪切作用获得胞外聚合物粗品；（3）微孔滤膜过滤，低压浓缩获得富含胞外聚合物的样品；（4）向上述样品中加入无水醇沉，过夜，分离取沉淀；（5）沉淀样品经透析脱盐纯化，冷冻干燥，得到湖泊蓝藻胞外聚合物。本发明获得的湖泊水华蓝藻胞外聚合物具有良好的絮凝性能，同时能高效去除污染水体中的重金属及色度，在环境保护领域具有很大的应用潜力。