本发明公开了一种感染性废水生态处理系统，包括至少一个罐体，所述罐体上设有废水输入口、输气口和废水输出口，所述罐体内设至少一个用于存储、繁殖微生物菌种的微生物固化装置，所述微生物固化装置包括采用多孔网状高分子材料制成的微生物固化层结构，所述微生物菌种附着在所述多孔网状高分子材料的网格内。微生物固化装置内的微生物菌种可对罐体内废水中的有害微生物进行消耗、灭活，从而起到对感染性废水进行消毒效果，而且采用生物杀毒的方法可杜绝二次污染，并可有效消除废水中的臭味，可到达感染性废水处理的预期效果。