本发明公开了一种微污染水体原位修复系统，包括水池，以及与水池隔开的生物填料池，所述水池池底设置有生物砾石层，所述生物砾石层底部设置将水引向生物填料池底部的池底排水管，所述生物填料池中设置有作为水体净化专属微生物菌种生长繁殖载体的高比表面积的生物填料，所述生物填料池上部设置有将水输送回水池的潜水泵。利用生物生态组合技术，高效净化水体水质；低成本、低能耗原位修复水体，节省了造价，减少水处理占地面积；全自动化工艺流程控制，无需人工看管；无需增氧机，利用形成的喷泉自增氧；整个处理过程无任何臭味产生；一次投入，永久免换水。