本发明涉及一种由微生物法生产的长链二元酸中脱除有机胺氮杂质的方法，该方法主要是应用丙酮或丁酮做溶剂来脱除由微生物发酵氧化正构烷烃生产的长链二元酸中的有机胺氮化合物，使其含量达到低于12ppm的要求，以充分满足应用可提出的低有机胺氮含量的指标要求，同时该技术具有能耗低，工艺简单，与微生物发酵氧化正构烷烃生产长链二元酸工艺有良好的衔接性，并且该技术涉及的主要热源可由太阳能集热器提供即可。