本发明涉及一种获得睡莲品种间杂交种的方法，属于植物育种技术领域。其主要技术措施是：品种间进行杂交后，取授粉后14-16d的子房，并对其进行无菌处理，再将其中的胚取出，后将胚作为外植体在1/2MS添加2，4-D 1.5mg/L+6-BA 2.0mg/L的培养基进行培养，经过继代培养和扩繁得到幼苗后，将幼苗转移到MS添加0.2mg/LNAA的培养基中生根，培养温度20-25℃，每日光照10-12h，光照度1600-2000lx。本发明能够解决睡莲品种间杂交受精后障碍这一关键技术问题，同时可得到睡莲品种间的杂交种实生苗。