本发明涉及一种混合储能系统的功率分配方法，属于新能源发电系统技术领域。首先产生波动功率信号，通过低通滤波对功率信号进行功率分配，功率延迟等效装置等效储能设备对参考功率的响应特性，通过储能设备荷电状态计算装置对储能设备的荷电状态进行计算，最后采用时间常数综合判断装置对储能设备的工作状态进行判断控制，得到对应的可变低通滤波时间常数，对功率分配进行调整。本发明的基于储能设备荷电状态的可变滤波时间常数的混合储能系统功率分配策略，具有可实时改变低通滤波器滤波时间常数的功能，减小储能设备荷电状态的变化范围，在一定程度上缓减储能设备荷电状态的饱和或枯竭，延长储能设备的使用寿命等优点。