一种果汁废水厌氧生物处理系统，包括果汁废水调节池，果汁废水调节池的出水口通过筛网过滤后和厌氧反应器的入水口连接，厌氧反应器的出水口和入水口之间通过水回流管连接，厌氧反应器的出水口和PVA氧化池的入水口连接，PVA氧化池的出水口和活性污泥池的入水口连接，活性污泥池的出水口和沉淀池的入水口连接，沉淀池的出水口和过滤池的入水口连接，过滤池的出水口的水回用生产车间或达标排放，沉淀池的出泥口通过污泥回流管和活性污泥池的入泥口连接，或直接进行污泥利用，本发明实现果汁废水低成本、低污泥、低能耗条件下的达标排放，为相关工程的设计、调试和运行管理提供技术依据和参考。