本发明公开了一种百合通过体细胞胚胎发生途径脱毒的方法，包括如下步骤：1）胚性愈伤组织诱导：以无菌条件下培养的百合鳞片作为外植体，诱导培养出胚性愈伤组织。2）胚性愈伤组织的选择性继代培养：选择由胚性愈伤组织产生的新生球形体细胞胚胎作为继代材料。3）球形体细胞胚胎的继代培养：球形体细胞胚胎接种于固体增殖培养基或液体增殖培养基中进行继代培养，直到继代培养的体细胞胚胎中未检测出病毒为止。本发明操作方法简单，由普通实验员对拟脱毒材料进行多次继代即可，对试验条件和操作人员的要求不高。通过体细胞胚胎的快速繁殖，可彻底脱去病毒，脱毒效果较好。