本发明公开了一种生物透析系统，其包括一净化池，该净化池内伸入一个或数个输水单元，该输水单元上设有一个或数个与该输水单元相通的排水装置，该排水装置向净化池顶面方向延伸，该输水单元还连至供水单元。本发明可以使污水或污泥中污染物在水的作用下，经过了物理、化学、生物三个净化过程，可以恢复水生态、恢复和增强水体基本和重要的自净能力和纳污能力，是一种节能、减排、低碳、可持续和环保的生物透析系统及清污方法。