本发明公开了一种污水脱氮除磷的生物处理方法，包括除碳、脱氮及除磷脱氮处理过程，即在一个反应周期内连续向一活性污泥反应池内加入污水，并使前置的SFBR反应池的环境依次为好氧状态时段和厌氧状态时段，最后经过静置沉淀时段的固液分离后一次性排出上清液，上清液进入后置的改进型BAF装置依次经过曝气生物滤池的厌氧段和好氧段的处理后排出。本发明解决了微生物生长所需的良好生长环境，以及废水中高浓度盐类对微生物毒害或抑制生长的问题，解决了同时脱氮除磷中微生物的混合培养相互抑制、碳源争夺矛盾，以及高浓度SS造成BAF工艺中生物滤料阻塞的问题，提高了废水生物转化率，增强总体脱氮除磷效果，同时提高氧利用率，降低能耗和生产成本。