本发明属于作物生物技术和遗传育种技术领域，具体公开了一种高效获得六倍体紫锥菊的筛选方法，即将染色体加倍处理后的三倍体紫锥菊的根外植体诱导不定芽再生，不定芽长至连叶高2cm后诱导生根，选择从不定芽诱导开始后第150～210天长出2cm根的不定芽进行倍性鉴定，高成功率的获得由三倍体成功加倍成六倍体的紫锥菊，由本发明所述方法筛选获得的六倍体的成功率高达53.33%，为多倍体紫锥菊筛选提供了可靠的技术手段，为多倍体紫锥菊的育种提供了重要的技术支撑，应用前景广阔，具有很好的实际应用价值，能够产生较好的经济效益和社会效益。