本发明是关于治理河流、湖泊及特定水域中的污染底泥的工艺系统和方法。从水域中挖掘污染底泥和水的混合物，加入固化剂、某种特异性吸附剂和胶凝材料等使底泥固化从而与水分离。含污染物的淤泥经固化形成固体结构，便于运输及倾倒入填埋场所或海洋。